Seminar Bioinformatika, 11. april 2019.

Naredni sastanak Seminara biće održan u četvrtak, 11. aprila 2019. u sali 718 Matematičkog fakulteta sa početkom u 18:15.

Predavač: dr Miljana Tanić, naučni saradnik na Institutu za onkologiju i radiologiju

Naslov predavanja: PRIMENA CILjANOG BISULFITNOG SEKVENCIRANjA U EPIGENETICI KANCERA

Apstrakt: Uz par izuzetaka, svaka ćelija multicelularnih eukariota ima identičan genom. Ono što determiniše ćelijski fenotip je kombinacija epigenetičkih markera koje zajedno određuju gde, kada i koliko će se eksprimirati informacija kodirana u genomu. DNK metilacija je jedan od najvažnijih epigenetičkih mehanizama neophodan za ćelijsku diferencijaciju. Izmenjen profil DNK metilacije je rani događaj u evoluciji karcinoma, pri čemu dolazi do lokalne hipermetilacije tumor supresora i globalne hipometlacije.

Metode sekvenciranja nove generacije (NGS) omogućile su proučavanje epigenoma. Za analizu DNK metilacije zlatni standard je bisulfitno sekveniranje (BS-seq), koje pored rezolucije na nivou jednog nukleotida omogućava i faznu rekonstrukciju epialela na nivou jedne očitane sekvence (sequencing read). Analiza celog epigenoma je i dalje izuzetno skupa i bioinformatički zahtevna metoda, te su razvijene metode za usmeravanje sekvenciranja na ciljane regione širom genoma (CpG ostrva, regulatorne sekvence, i druge).

Na seminaru biće predstavljena uporedna analiza dostupnih metoda za ciljano bisulfitno sekvenciranje, opisani tehnički izazovi i specifična bioinformatička obrada ovih podataka. Takođe, biće prikazana primena metoda ciljanog BS-seq na primeru studije intra-tumorske heterogenosti i evolucije nesitnoćelijskog karcinoma pluća (TRACERx studija).


 Ostavite vaš komentar 

Komentari(0)

Nažalost nije moguće ostaviti komentar.