Семинар Биоинформатика, 11. април 2019.

• 02. Април, 2019
• Коментари (0)

Наредни састанак Семинара биће одржан у четвртак, 11. априла 2019. у сали 718 Математичког факултета са почетком у 18:15.

Предавач: др Миљана Танић, научни сарадник на Институту за онкологију и радиологију

Наслов предавања: ПРИМЕНА ЦИЉАНОГ БИСУЛФИТНОГ СЕКВЕНЦИРАЊА У ЕПИГЕНЕТИЦИ КАНЦЕРА

Апстракт: Уз пар изузетака, свака ћелија мултицелуларних еукариота има идентичан геном. Оно што детерминише ћелијски фенотип је комбинација епигенетичких маркера које заједно одређују где, када и колико ће се експримирати информација кодирана у геному. ДНК метилација је један од најважнијих епигенетичких механизама неопходан за ћелијску диференцијацију. Измењен профил ДНК метилације је рани догађај у еволуцији карцинома, при чему долази до локалне хиперметилације тумор супресора и глобалне хипометлације.

Методе секвенцирања нове генерације (NGS) омогућиле су проучавање епигенома. За анализу ДНК метилације златни стандард је бисулфитно секвенирање (BS-seq), које поред резолуције на нивоу једног нуклеотида омогућава и фазну реконструкцију епиалела на нивоу једне очитане секвенце (sequencing read). Анализа целог епигенома је и даље изузетно скупа и биоинформатички захтевна метода, те су развијене методе за усмеравање секвенцирања на циљане регионе широм генома (CpG острва, регулаторне секвенце, и друге).

На семинару биће представљена упоредна анализа доступних метода за циљано бисулфитно секвенцирање, описани технички изазови и специфична биоинформатичка обрада ових података. Такође, биће приказана примена метода циљаног BS-seq на примеру студије интра-туморске хетерогености и еволуције неситноћелијског карцинома плућа (TRACERx студија).